A Mega Hits iniciou as suas emissões no dia 1 de julho de 1998, sob a designação original de Mega FM. Fundada pelo Grupo Renascença Multimédia, a estação foi concebida para preencher uma lacuna no mercado radiofónico português, focando-se especificamente num público jovem e adolescente. Durante a sua fase inicial, a programação centrava-se em géneros musicais contemporâneos, como o pop, o dance e a música urbana, estabelecendo-se rapidamente como uma referência no segmento CHR (Contemporary Hit Radio) na região de Lisboa e, posteriormente, expandindo a sua rede de emissores para alcançar uma cobertura mais abrangente no território nacional.
No final de 2009, a estação passou por um processo de reposicionamento de marca, adotando a atual denominação de Mega Hits. Esta transição refletiu uma estratégia editorial orientada para o reforço da componente musical, consolidada por conceitos como "Mais Música Nova" e a promessa de "Mais de 45 minutos de música sem parar". Ao longo das décadas, a rádio manteve-se sob a propriedade do Grupo Renascença Multimédia (r/com), integrando-se digitalmente no portal SAPO. Entre os seus marcos históricos, destaca-se a aposta em programas de entretenimento matinal e a cobertura de grandes eventos de música, mantendo a sua identidade ligada às tendências atuais e à inovação tecnológica no consumo de rádio online.